При проростанні зараженого насіння хвороба проявляється на гіпокотилі і сім'ядолях у вигляді водянистих плям різної форми, які при підсиханні стають сірими, і на них утворюються пікніди. При ураженні сходів в прикореневій частині стебла і на корені з'являються темні плями. Надалі уражені ділянки підсихають, світлішають, що в кінцевому підсумку призводить до руйнування кореневої системи і загибелі сходів ріпаку. У період вегетації хвороба проявляється на стеблі в прикореневій частині у вигляді темних виразкових ураженнях, які можуть поширюватися на кореневу систему, викликаючи суху кореневу гниль. Рослини ріпаку з таким типом ураження відстають у рості, мають хлоротичні вигляд, вилягають і гинуть. На листі і стручках фомоз проявляється у вигляді сірих сухих плям з концентричною зональністю і темними пікнідами.